在使用 Git 管理 Unity 项目时，如果 Atlas 文件总是丢失，可能是因为这些文件没有正确地被版本控制系统跟踪。以下是一些可能的解决方案：

1. 检查 .gitignore 文件：确保 .gitignore 文件中没有排除 Atlas 文件。你可以在项目的根目录中找到 .gitignore 文件，并检查是否有任何与 Atlas 文件相关的排除规则。

2. 确保文件被添加到 Git：在命令行中使用 git status 检查哪些文件没有被跟踪。如果 Atlas 文件没有被跟踪，使用 git add <file> 命令将它们添加到 Git。

3. 使用 Unity 的版本控制设置：在 Unity 中，确保在“Edit > Project Settings > Editor”中将“Version Control Mode”设置为“Visible Meta Files”，并将“Asset Serialization Mode”设置为“Force Text”。这将确保所有的资源和元数据文件都被正确地跟踪。

4. 检查 Unity 的导入设置：确保在 Unity 中导入 Spine 资源时，所有相关的 Atlas 文件都被正确地导入和配置。

如果这些步骤没有解决问题，请提供更多的上下文或错误信息，以便更好地帮助你解决问题。

This sounds as if you are perhaps missing to commit the .meta files alongside with the assets itself. Please make sure to include all files in the skeleton directory.